Il territorio della Valle del Topino, alla confluenza del Roveggiano, è stato sin dalla preistoria di grande interesse per lo sviluppo dell’asse viario che consentiva di raggiungere velocemente l’altopiano di Colfiorito e facilitava quindi il collegamento con il versante adriatico.

L’area era abitata già nell’età del ferro (fine X-VII secolo a.C.) da popolazioni appartenenti al gruppo Umbro Sabellico che impressero carattere distintivo all’area centro-appenninica fino a quando la sconfitta contro la potenza romana non mise fine alla loro storia.

Da allora Roma avviò una serie di iniziative tese alla normalizzazione dei territori conquistati e nel 220 a.C. venne aperta la via Flaminia che attraversa il territorio umbro e raggiunge l’Adriatico. La vicinanza della strada al fiume Topino e la dolcezza delle pendici montane facilitarono la formazione di villaggi ed insediamenti rustici, tra cui a Capodacqua, Pontecentesimo e Colfornaro.
La valle di Capodacqua è storicamente ricordata (1147) come parte di un vastissimo complesso fondiario di pertinenza dei nobili di Antignano di Foligno che si estendeva fino agli altipiani di Colfiorito.
Parte del suo territorio era altresì patrimonio del monastero benedettino di Santo Stefano di Gallano (1197).

Intorno agli anni 1250 la città di Foligno accrebbe la propria egemonia sul territorio con la conquista della montagna fino ad Annifo ma mai oltre la linea stabilita dal cardinale Fieschi nel 1240. Con il potere comunale passato nelle mani solide e pugnaci dei Trinci venne avviata la costruzione di rocche e capisaldi a protezione del territorio: il castello e la torre di Colfiorito, quello di Annifo, la torre di Afrile e il castello e fortilizio di Capodacqua.

Il paese è raffigurato nella carta di Egnazio Danti in Vaticano (1581) e nella carta del Mercatore (Gerhard Kremer, 1589) dalle quali si evince come Capodacqua si sia progressivamente sviluppata dall’unione di più nuclei abitati che ancora oggi si distendono lungo le sponde del Roveggiano.